В конфокальном сканирующем лазерном микроскопе снимок объекта получается сканированием сфокусированного луча по образцу как растр, за счет движения быстрых подвижных гальванометрических зеркал. Одно из зеркал перемещает луч слева направо вдоль поперечной оси Х, а другое переводит луч в направлении У. После каждого отдельного сканирования вдоль оси Х луч быстро транспортируется обратно в начальную точку и смещается вдоль оси У, чтобы начать новое сканирование в процессе, называемом обратным рейсом. Во время операции возврата информация об изображении не собирается. Таким образом, интересующая область на образце в одной фокальной плоскости возбуждается лазерным излучением от сканирующего блока.
Когда каждая линия сканирования проходит вдоль образца в боковой фокальной плоскости, флуоресцентное излучение собирается объективом и возвращается обратно через конфокальную оптическую систему. Скорость сканирования зеркал очень медленная относительно скорости света, поэтому вторичное излучение следует по световому пути вдоль оптической оси, которая идентична исходному лучу возбуждения. Возврат света через систему зеркал гальванометра называется дексканированием. Покидая сканирующие зеркала, свечение проходит непосредственно через дихроматическое зеркало и фокусируется на отверстии точечного отверстия. В отличие от растровой схемы сканирования возбуждающего света, проходящего через образец, свечение остается устойчивым в апертуре точечного отверстия, но колеблется относительно интенсивности во времени, когда пятно освещения проходит образец, вызывая изменения в возбуждении.
Флуоресцентное излучение, которое проходит через апертуру-обскуры, с помощью фотоумножителя преобразуется в аналоговый электрический сигнал, имеющий постоянно изменяющееся напряжение (соответствующее интенсивности). Аналоговый сигнал периодически дискретизируется и преобразуется в пиксели с помощью аналого-цифрового (аналого-цифрового) преобразователя, размещенного в блоке сканирования или в прилагаемом электронном шкафу. Информация об изображении временно сохраняется на карте буфера кадров изображения в компьютере и отображается на мониторе. Важно отметить, что конфокальное изображение образца восстанавливают, точка за точкой, из эмиссии фотонных сигналов с помощью фотоумножителя и сопутствующей электроники, но никогда не существует как реальное изображение, которое можно наблюдать через окуляры микроскопа.
